Karena pada waktu itu baru ada sebuah SMA Muhammadiyah di Yogyakarta, maka pada tahun 1981 Pimpinan Persyarikatan Muhammadiyah (Majelis Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan Kodya Yogyakarta), periode kepemimpinan Drs. Musa Ahmad, mulai berusaha untuk memperoleh lahan untuk keperluan lokasi kampus SMA MUHI yang lebih representatif. Akhirnya diperoleh lahan seluas 6.700 m2 di kampung Petinggen, Karangwaru, Tegalrejo, yang kini di atasnya telah berdiri Kampus SMU Muhammadiyah 1 Yogyakarta.

Pembangunan gedung di Kampus Petinggen itu sendiri dilakukan tidak sekaligus. Tahap pertama dibangun gedung sayap selatan terdiri dari 12 kelas dalam tiga lantai. Pembangunan gedung ini dimulai Senin 1 Agustus 1983 dan baru selesai serta diresmikan oleh KHA. AR. Fakhruddin pada 18 April 1985 bertepatan dengan 27 Rajab 1405 H. Dengan diresmikan gedung tahap pertama ini maka mulailah tahap awal diboyongnya SMA MUHI dari kampus Jl. Kapten Tendean Yogyakarta.

FASILITAS
- 30 Ruang Kelas. (Lantai 1, 2 dan 3)
- 3 Ruang Laboratoirum IPA. (Kimia, Fisika, Biologi)
- 1 Ruang Laboratorium Bahasa. (Inggris dan Arab)
- 1 Ruang Laboratorium berisi 24 PC terhubungan LAN
- 1 Ruang Laboratorium Agama Islam
- 1 Ruang Perpustakaan dengan koleksi lebih dari 5.000 judul buku dan PC yang tersambung Internet
- 1 Ruang Pelayanan Kesehatan dengan Perawat dan Dokter jaga setiap hari
- 1 Ruang Kegiatan IRM/OSIS
- 2 Ruang Konseling BK/BP
- Koneksi Internet untuk Lab. Komputer dan Multimedia serta seluruh Ruangan dengan kecepatan 64 kbps. menggunakan Wireless 3,3 GHz
- Aula dengan kapasitas 500 kursi
- Ruang Kepala Sekolah
- Ruang Wakil Kepala Sekolah
- Ruang Guru Putra dan Putri
- Ruang pelayanan bagi siswa. (Administrasi dan Keuangan)
- Kantin terpadu yang menyediakan aneka menu makanan dan minuman
- Ruang Koperasi Siswa dan Guru-Karyawan
- Area Parkir kendaraan untuk siswa yang mampu menampung 700 motor siswa
- Asrama Putra dengan kapasitas 250 anak
- Asrama Putri yang dikelola oleh aktifis Muhammadiyah (manajemen terpisah dari sekolah) dengan jarak 200 meter dari sekolah
- Lapangan Basket dan Lapangan Bola Volly
- Papan Panjat Dinding

EKSTRA KURIKULER
- Corp Mubaligh MUHI (CMM)
- Muhi English CLub (MEC)
- Qiro'ah
- Taklimul Arabiyah
- Jurnalistik
- Pandu Hizbul Wathan dan Palang Merah Remaja
- Pecinta Alam/Panjat Dinding [FALAHI]
- Bulutangkis
- Basket (khusus putra)
- Sepak Bola
- Soft Ball
- Voli (khusus putri)
- Tenis Meja
- Pasukan Inti/Drum Band (Pasti)
- Komputer (wajib bagi siswa kelas I)
- Bahasa Jepang
- Karya Ilmiah Remaja
- Tapak Suci Putra Muhammadiyah
- Web Design dengan Instruktur dari AMIKOM Yogyakarta
- Fotografi