Didirikan oleh Romo F. Strater, gereja ini dulunya bernama Santo Antonius Van Padua. Sebelum gereja ini berdiri, kegiatan keagamaan umat Katholik di Kota Baru di pusatkan di rumah Tuan Perquin (di depan Masjid Shuhada sekarang). 

Penanggung jawab berdirinya gereja in adalah Romo J. Hoeberecht SJ. Sedangkan dana yang diperoleh merupakan sumbangan dari Belanda. Selesai dibangun padatahun 1926, gereja ini diberkati oleh Uskup Mgr. A. van Velsen Sj. Dari Jakarta.

Gereja yang menghadap ke timur ini beratapkan limasan, demikian pula bagian kanopinya. Pada bagian depan bangunanya terdapat sebuah menara dengan plafon berupa tembok dengan bentuk sungkup yang cukup tinggi. Tiang bangunan gereja terbuat dari semen cor dengan jumlah sebanyak 16 buah.

Altar gereja berada di sebelah barat di mana pada dinding atasnya penuh dengan lukisan keagamaan yang bernuansa etnis yang memenuhi lengkung bagian depan altar. Tempat untuk mempersiapkan upacara dan tempat koor terdapat pada sisi kanan altar di mana terdapat cawan kuno yang terbat dari tahun 1922 serta salib dengan hiasan batu mulia. Sedangkan ruang pengakuan dosa terletak pada sisi utaranya.