Terletak di jalan Brigjen Katamso, bangunan ini berdiri pada tanggal 15 Agustus 1990. Bangunan ini berdiri di atas tanah hibah dari Kraton Yogyakarta pada masa pemerintahan Sri Sultan Hamengku Buwono VII, di mana telah diserahkan pada sejak tahun 1845 yang memang diperuntukkan bagi warga Cina sebagai tempat pemujaan.

Pada awalnya, Vihara atau yang lebih dikenal dengan kelenteng ini bernama Hok Tik Bio, yaitu tempat kebaktian bagi Hok Tik Sin yang oleh umat Budha dipercaya sebagai Dewa Bumi. Namun, di Vihara ini juga terdapat altar pemujaan bagi umat Budha dan Konghucu. Pada era orde baru, nama bangunan ini diganti dengan Vihara Buddha Prabha. Karena pada waktu itu hanya terdapat lima agama resmi di Indonesia, makan di Vihara in lebih menonjolkan unsur Budha.

Vihara yang menghadap ke barat ini berdiri di atas tanah seluas 1150 m2 dengan halaman halaman yang luas mengelilinginya. Denah bangunannya berbentuk persegi panjang, terdiri dari ruang utama di tengah, ruang sisi utara, ruang sisi selatan, dan ruang belakang, sedangkan pada tengah banguna terdapt pelataran terbuka. Ciri utama dari arsitektur kelenteng ini adalah tipe Ngang Shan, dengan bubungan yang kedua ujungnya melengkung ke atas. Atapnya dihiasi patung naga yang saling berhadapan dengan ekor tegak. Pada bagian tengah patung naga terdapat bola api yang merupakan symbol mutiara bulan. Dalam tradisi Cina, naga melambangkan perlindungan dan kekuasaan, sedang mutiara bulan adalah lambing kesucian.

Pada dinding, tiang dan bagian bangunan lainnya, banyak terdapat gambar atau ukiran bergaya Cina dengan berbagai ragam hias. Pada ruang utama Vihara ini terdapat beberapa altar sembahyang lengkap dengan arcanya. Altar yang berada di tengah ruangan merupakan altar pemujaan bagi Buddha Gautama, Dhyani Bodhisatva Avalokitesvara, Prajnaparamita, dan Maitreya. Selain itu juga terdapat altar untuk memuja Hok Tik Cing Sin, Day Yang Sing Kun, Day Ing Poo Sat, Kong Tik Coen Ong, dan Thiang Sian Sing Bo yang merupakan tokoh dalam Taoisme.

Pada ruang samping kiri terdapat altar pemujaan bagi Hiang Thiang Siang Tee, sedangkan di ruang samping kanan terdapat altar pemujaan bagi Kwan Tee Koen and Khong Hu Cu. Di rirang belakang terdapt tempat pemujaan tokoh-tokoh Budha yang berisi arca-arca berukuran kecil yang menggambarkan Budha Gautama, Dhyani Buddha Amitabha, Bhaisajyaguru Buddha, Dhyani Bodhisatva Avalokitesvara, dan Maitreya. Di ruang atas yang merupakan ruang tambahan, terdapat altar pemujaan bagi Buddha Gautama, Dhyani Buddha Amitabha, Bhaisajyaguru Buddha, Ananda, dan Sariputra.