SMA Bopkri 3 Yogyakarta ini memulai perjalanannya sejak tahun 1979. Awalnya proses kegiatan belajar mengajar diselenggarakan pada siang hingga sore hari (13.00-18.00 WIB) hingga pada akhirnya di era tahun 1990-an SMA yang terletak di Jl. Kapten P. Tendean No. 55 ini melangsungkan KBM seperti sekolah menengah atas yang lainnya, yaitu pukul 07.00-13.30 WIB.

Pernah mengalami masa kejayaan menjadi sekolah yang dicari oleh banyak pelajar sebelum era tahun 1990. Saat itu sekolah siang menjadi pilihan alternatif karena kebanyakan pelajar sedang bekerja di pagi hari.

Kini, SMA Bopkri 3 Yogyakarta tetap berdiri di jalur pendidikan dengan mengelola 4 kelas yang dibagi menjadi masing-masing 1 kelas untuk tingkat 1 dan 2; 2 kelas untuk tingkat 3 (IPA dan IPS).

FASILITAS
- ruang kelas sejumlah 4 kelas
- perpustakaan
- koperasi siswa
- laboratorium komputer
- laboratorium IPA dan IPS
- lapangan uparaca
- lapangan olahraga (basket)
- tempat parkir

EKSTRAKURIKULER
- komputer
- basket
- seni tari
- pramuka