UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dalam perjalanannya telah menjadi center of excellence dalam bidang ilmu-ilmu keislaman serta dijuluki sebagai feeder bagi UIN lainnya. Dalam perkembangan terakhirnya, UIN Sunan Kalijaga memiliki lima Fakultas, yaitu fakultas Adab, Dakwah, Syari'ah, Tarbiayh, dan Ushuluddin (24 Jurusan/Program Studi) serta satu program Pascasarjana. Dengan 24 program studi dan kurikulum yang terus dievaluasi serta disempurnakan agar semakin relevan dengan tuntutan zaman, UIN Sunan Kalijaga membekali dan mengantarkan mahasiswa siap terjun ke dunia kerja dan wiraswasta.

UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta secara resmi berdiri pada 27 Rajab 1364 H bertepatan dengan tanggal 8 Juli 1945 dengan nama Sekolah Tinggi Islam. Dalam perkembangannya, bulan Februari 1948, STI dirubah menjadi Universitas Islam Indonesia. Pada tahun 1950, Fakultas Agama UII menjadi PTAIN dengan jurusan Dakwah dan Qadla. Di Jakarta, didirikan juga Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) sebagai kelanjutan usaha mendirikan Sekolah Guru Agama Atas (PGAA) dan Sekolah Guru dan Hakim Agama (SGHAA).

Berdasarkan Penetapan Menteri Muda Agama No. 41 tahun 1959, disepakati penggabungan PTAIN dan ADIA menjadi Institut Agama Islam Negeri "Al-Jami'ah Al-Islamiyyah Al-Hukumiyyah" yang berpusat dan berkedudukan di Yogyakarta. Diresmikan kemudian pada tanggal 24 Agustus 1960 berdasarkan Penetapan Menteri Agama No. 35 tahun 1960. Pada saat diresmikan, IAIN "Al-Jami'ah" ini terdiri dari empat fakultas, yaitu Fakultas Ushuluddin dan Fakultas Syari'ah di Yogyakarta, Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Adab di Jakarta.

Dalam perkembangan selanjutnya, setelah diterbitkan Peraturan Pemerintah No. 27 tahun 1963, terdapat 14 IAIN dan untuk memberi ciri khas IAIN agar mudah dikenal masyarakat. Akhirnya sejak tanggal 1 Juli 1965 IAIN Al-Jami'ah Yogyakarta secara resmi mempergunakan nama "IAIN Sunan Kalijaga" berdasarkan surat keputusan Menteri Agama No. 26 tahun 1965 tanggal 15 Juli 1965.

FAKULTAS
- Fakultas Adab 
- Fakultas Dakwah 
- Fakultas Syari’ah
- Fakultas Tarbiyah
- Fakultas Ushuluddin
- Fakultas Sains & Teknologi
Sains:
Matematika, Fisika, Kimia, dan Biologi
Teknologi:
Teknik Informatika dan Teknik Industri
- Fakultas Ilmu Sosial & Humaniora
Psikologi, Sosiologi, Ilmu Perpustakaan, dan Ilmu Komunikasi 
 
- Program Pasca Sarjana
Pendidikan Islam, Agama dan Filsafat, dan Hukum Islam

LEMBAGA PENGEMBANGAN & PENELITIAN
- Kelompok Pusat Studi Kebudayaan Islam
- Kelompok Pusat Studi Pemikiran Islam
- Kelompok Pusat Studi Kependudukan
- Kelompok Pusat Studi Lingkungan Hidup
- Kelompok Pusat Studi Studi Wanita IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta

UNIT KEGIATAN MAHASISWA
- Perguruan Pencak Silat CEPEDI (Cepat Pembelaan Diri)
- Pramuka
- Resimen Mahasiswa (MENWA) Baru
- Lembaga Pers Mahasiswa ARENA
- Teater ESKA
- INKAI (Institut Karate Do-Indonesia)
- MAPALASKA (Mahasiswa Pecinta Alam IAIN Sunan Kalijaga)
- Orkes Gambus Al-Jami'ah
- KOPMA (Koperasi Mahasiswa)
- Korps Dakwah Islamiyyah Sunan Kalijaga (KORDISKA)
- Korps Sukarela Palang Merah Indonesia (KSR PMI)
- Olah raga
- Taekwondo
- Jam'iyyah Qurra'wa al-Huffazh “AL-MIZAN”
- Paduan Suara Mahasiswa “Gita Savana”
- Studi dan Pengembangan Bahasa Asing
- Jama'ah Cinema Mahasiswa (JCM)