Kantor Gubernur Yogyakarta berada tepat di pusat kota Yogyakarta yaitu di Komplek Kepatihan Danureja, Jl. Malioboro, Yogyakarta. Lokasi ini merupakan komplek pemerintahan Yogyakarta yang juga dikenal dengan nama kepatihan. Sebagaimana namanya, kantor Gubernur ini mengurusi segala hal administrasi Kota Yogyakarta.