Dalam perkembangan SMA PIRI 1Yogyakarta ditetapkan sebaai sekolah percontohan program peningkatan kualitas pendidikan dilingkungan yayasan PIRI . Untuk mewujudkan SMA PIRI 1 Yogyakarta menggunakan kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP)dengan ciri khusus pendidikan Islam dan program unggulan berdasarkan Pancasila dan UUD 1945.

VISI
Unggul dalam prestasi, berdaya saing dan berakhlak mulia

MISI

   1. mengembangkan dan melaksanakan kurikulum secara dinamis dan

       berkesinambungan.
   2. melaksanakan pembalajaran dan bimbingan yang berkualitas agar siswa

       berkembang secara optimal sesuai dengan potensinya.  

   3. menumbuhkembangkan semangat keunggulan dengan intensifikasi dan

       ekstensifikasi pembelajaran.  

   4. menumbuhkembangkan potensi SDM sesuai bidangnya agar

       produktifitasnya meningkat  

   5. meningkatkan pelayanan dengan meningkatkan kualitas dan kuantitas

       saran dan prasarana sekolah.  

   6. menerapkan manajemen partisipatif dengan melibatkan seluruh warga  

       sekolah dan penentu kebijakan yang terkait dengan sekolah.  

   7. menjamin terlaksananya program-program sekolah secara efetif dan

       efisien  

   8. mendorong dan membantu setiapa siswa untuk mengenali potensi dirinya,

       sehingga dapat dikembangkan secara optimal.  

   9. menumbuhkembangkan penghayatan ajaran agama yang dianut sebagai  

       sumber kearifan dalam bertindak.